一、批復出臺的背景
近接吉林省國稅局反映，部分非中儲糧直屬糧食收儲企業（以下簡稱“非直屬收儲企業”）根據《國家發展和改革委員會 國家糧食局 財政部 中國農業發展銀行關于2013年東北地區國家臨時儲備玉米和大豆收購有關問題的通知》（國糧調〔2013〕265號）規定，受中國儲備糧管理總公司（以下簡稱“中儲糧”）直屬企業的委托，執行國家糧食臨時存儲任務。具體流程是，由非直屬收儲企業直接向中國農業發展銀行（以下簡稱“農發行”）貸款并組織收購儲備糧，糧食儲備期限屆滿后，由中儲糧總公司根據國家計劃，通過糧食交易中心組織拍賣，相應的儲備糧銷售款由糧食交易中心匯劃到中儲糧總公司在農發行總行營業部開立的回籠貨款存款專戶上，中儲糧再將該批糧食的收儲成本匯劃到非直屬收儲企業，溢價部分由中儲糧統一上繳財政。近期該批國家臨時存儲糧食開始對外銷售，但中儲糧和非直屬收儲企業均拒絕向購糧方開具增值稅發票，希望總局明確相關政策，予以協調解決。
二、中儲糧和非直屬收儲企業均拒絕向購糧方開具發票的原因
中儲糧拒絕開票的理由是，非直屬收儲企業是國家糧食收儲任務的承貸主體，該批糧食的所有權并不屬于中儲糧，中儲糧也不應被視為是該批糧食的銷售方，因此不應由中儲糧開票。
非直屬收儲企業拒絕開票的理由是，其實際只收到國家臨時存儲糧食銷售價款中的收儲成本部分，溢價部分體現為中儲糧收入，非直屬收儲企業若按收儲成本向購糧方開具發票，則與糧食成交金額不符，購糧方難以接受。若按實際成交金額開具發票，則開票數大于實際收入數，票款金額不符，違反發票管理有關規定。
三、批復中明確的發票開具流程
根據國糧調〔2013〕265號文件規定，中儲糧和非直屬收儲企業簽訂的是委托收購協議，中儲糧要派人直接管理非直屬收儲企業，對這部分糧食承貸、收購、保管和出庫等全權負責。在實際結算中，儲備糧食銷售后，相應的銷售款先匯劃到中儲糧總公司，由中儲糧將銷售款中的收儲成本部分匯劃給非直屬收儲企業。基于上述兩個因素，中儲糧應被視為該批儲備糧食的銷售方，也應由其向購糧方按售糧款全額開具增值稅發票。非直屬收儲企業自中儲糧取得的糧食收儲成本款，應視為以收儲成本價向中儲糧銷售儲備糧取得的收入，也應按糧食的收儲成本價向中儲糧開具增值稅發票。
（來源：國家稅務總局）