現(xiàn)將《國家稅務總局關于修改〈非居民企業(yè)所得稅核定征收管理辦法〉等文件的公告》的有關內容，解讀如下：
一、 發(fā)文背景
《國務院關于取消和調整一批行政審批項目等事項的決定》（國發(fā)〔2015〕11號）和《國務院關于取消和下放一批行政審批項目的決定》（國發(fā)〔2014〕5號），取消了主管稅務機關對非居民企業(yè)適用行業(yè)及所適用的利潤率審核、境外注冊中資控股居民企業(yè)選擇主管稅務機關批準和主管稅務機關變更審批、非居民企業(yè)股權轉讓選擇特殊性稅務處理核準事項。為此，需對《非居民企業(yè)所得稅核定征收管理辦法》（國稅發(fā)〔2010〕19號）、《境外注冊中資控股居民企業(yè)所得稅管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2011年第45號發(fā)布）和《國家稅務總局關于非居民企業(yè)股權轉讓適用特殊性稅務處理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第72號）有關條款進行修訂，此次修訂主要是為了適應取消行政審批事項及加強后續(xù)管理要求。
二、主要調整的內容
（一）對《非居民企業(yè)所得稅核定征收管理辦法》的修改
非居民企業(yè)核定征收的相關規(guī)定，是根據稅收征管法第三十五條，稅務機關依職權對無法據實征收的非居民企業(yè)的一項征管行為，不是以納稅人申請為前提的，為避免歧義對相關表述進行修改，刪除該條第二款，進一步規(guī)范核定征收程序及工作要求，規(guī)定了辦理時限，修改關于“審核”的表述。同時，對《非居民企業(yè)所得稅征收方式鑒定表》做相應修改。
（二）對《境外注冊中資控股居民企業(yè)所得稅管理辦法（試行）》的修改
就目前的稅收法律法規(guī)的相關規(guī)定看，企業(yè)實際管理機構的概念及其所在地的判定標準還不夠清晰，據此確定主管稅務機關往往有爭議，如果對境外注冊中資控股居民企業(yè)主管稅務機關不事先明確，會增加征納雙方的不確定性和征管成本。為此，稅務總局已在《國家稅務總局關于依據實際管理機構標準實施居民企業(yè)認定有關問題的公告》（2014年第9號），對《國家稅務總局關于境外注冊中資控股企業(yè)依據實際管理機構標準認定為居民企業(yè)有關問題的通知》（國稅發(fā)〔2009〕82號，以下簡稱《通知》）有關條款進行了修訂，規(guī)定符合《通知》第二條規(guī)定的居民企業(yè)認定條件的境外中資企業(yè)，須向其中國境內主要投資者登記注冊地主管稅務機關提出居民企業(yè)認定申請。本公告在此基礎上，進一步明確了境外注冊中資控股居民企業(yè)主管稅務機關為其中國境內主要投資者登記注冊地主管稅務機關，取消境外注冊中資控股居民企業(yè)選擇主管稅務機關批準和主管稅務機關變更審批。
（三）對《關于非居民企業(yè)股權轉讓適用特殊性稅務處理有關問題的公告》的修改
非居民企業(yè)股權轉讓選擇特殊性稅務處理核準，該項行政審批已通過國家稅務總局2013年第72號公告將其調整為備案管理，但是72號公告第七條當中“非居民企業(yè)股權轉讓未進行特殊性稅務處理備案，適用一般性稅務處理規(guī)定，應按照有關規(guī)定繳納企業(yè)所得稅”的規(guī)定，容易造成在執(zhí)行當中作為事前核準性備案方式，變相實施審批，故取消該規(guī)定。稅務機關要結合日常征管，加強非居民企業(yè)股權轉讓適用特殊性稅務處理的管理，發(fā)現(xiàn)非居民企業(yè)股權轉讓適用特殊性稅務處理未進行備案的，應告知其按照本公告第二條、第三條的規(guī)定辦理備案手續(xù)。對非居民企業(yè)股權轉讓適用特殊性稅務處理不履行備案手續(xù)的，稅務機關將按征管法及其實施細則的有關規(guī)定處理。
（來源：國家稅務總局）